自身免疫性疾病的抗原是来自自己的组织细胞，变态反应性疾病的抗原则是外来物质。
具有防御功能的白细胞怎样知道对什么进行攻击和对什么进行保护呢？回答就在于精确控制的计算机——胸腺。在你出生之前就已经给你的每一个细胞一个“身份卡”和一个打开自身“记忆库”中的密码。想像你的身体就如同一个国家，那里的每一个细胞已被教会说本国的语言。你能够立即确认从其他国家来的某些个人，因为他们说不同的语言。当你的免疫大军认出了外来者，便立即采取就地进攻拘捕入侵者并消灭它。
这里有三个问题：
(1)外来者可能不是敌对的，它可能是为了帮助治疗，例如新近移植的心脏。为了停止对一个被认为是外来器官的攻击，医生给予病人免疫抑制剂。
(2)一个法国人可能进入中国并说一口流利的汉语，我们可能不会认为他是外国人。一个相似性质的情况，如果发生一个病毒进入你的身体，并且在被抓住之前设法进入你的一个细胞，免疫系统认识你的细胞但未必认识入侵者，因此不能对它进行攻击。同时病毒接收你的细胞的DNA并将其加工组合装配成为自身。因此你的细胞制造了成百上千的新的异己（病毒）。免疫系统的一种细胞——细胞毒T细胞可以识别这种欺骗，并消灭病毒和宿主细胞。这有赖于一个有效的免疫系统。