然而，噶尔丹非但不听劝，气焰反而更嚣张，康熙二十九年（1690年），噶尔丹依仗沙俄的支援，接口追击喀尔喀蒙古，举兵南下，深入内蒙，大肆屠戮当地人民、劫掠人畜物资。清朝理藩院尚书阿喇尼汀知晓后违令请战，但在乌尔会河被噶尔丹打败，战事甚至逼近乌兰布通，据北京只有700里，城内人心惶惶。
此时的康熙，刚刚完成了《尼布楚条约》的签订，加上三藩已平、台湾也已统一，37岁的康熙俨然已成为一名老练的政治家，在经过一番深思熟虑后，他决定开始解决准格尔部的问题。
康熙很明白，噶尔丹之所以有一步步扩张的“动作”，很大程度上是仰仗于沙俄的支持，如果要解决噶尔丹的问题，首先要和沙俄交涉，稳住沙俄，避免沙俄干涉。而俄方经过前几年和清廷的多次交战，已了解大清实力不可小觑，所以在几次交涉后，俄方开始有所顾虑，也逐渐不再向噶尔丹提供任何兵力上的协助，在经济、武器等当面也只给一些有限的援助，而最为关键的一点是，沙俄临时取消了原本打算卖给噶尔丹的三千支滑膛枪的决定，这对后面的战事结果起到了很大程度的影响。
稳住沙俄，无疑是切断了噶尔丹的后方支援，在此之后，康熙寻找一切可以削弱噶尔丹势力的方法，比如，清方成功策反了随军出征的噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦，这样，策妄阿拉布坦趁着噶尔丹战于乌兰布通时，独自率五千人返回了准噶尔部根据地伊犁河领域，并将噶尔丹派来的追兵击杀，噶尔丹后勤补给来源也被大幅限制了，这都给了嘎尔丹极大的打击。