2005年阿里巴巴和当时全球最大门户网站雅虎战略合作，兼并其在华所有资产，因此成为中国最大互联网公司；2007年8月推出了以网络广告为营收项目的营销平台“阿里妈妈”，阿里妈妈以支付的低端门槛吸引了大量的中小站长加入；2007年11月中国领先的B2B电子商务公司及阿里巴巴集团的旗舰公司阿里巴巴网络有限公司在香港联合交易所有限公司上市。
处于金融危机中的阿里巴巴，上市后既有可喜的成绩，也有令人焦灼的成绩，马云对此看得很淡，他说：“我们说上市就像我们的加油站，不要到了加油站，就停下来不走，还得走，继续走。”所以，不能以上市来满足阿里巴巴不断前进的步伐。2008年阿里妈妈实行广告三包政策，再次掀起波浪，在金融危机中使得阿里巴巴的姿态无比坚挺。
现在马云率领他的阿里巴巴运营团队会聚了来自全球220个国家和地区的1000多万注册网商，每天提供超过810万条的商业信息，成为全球国际贸易领域最大、最活跃的网上市场和商人社区。仅国内加盟阿里巴巴的企业已达近3000家，其中超过70%的被推荐企业在网上实现成交，众多企业成为国际大采购商如沃尔玛、家乐福、通用、克莱斯勒等的客户。