然而，年老多病又频遭变故的裴寂已经不可能回长安了。接到诏命的几天后，时年六十的裴寂便在抑郁而苍凉的心境中一病而亡。
尽管裴寂最后得以善终，并且保住了晚节和子孙富贵，但是相对于武德时期所享有的荣宠，他的晚年可以说是相当不幸的。
其实人们不难发现，裴寂晚年不幸的根源，绝非出于什么和尚法雅与术士信行的所谓“妖言”，而是在于天子李世民。
人们或许会认为，这是因为李世民心中深藏已久的某种报复心理。道理很简单：从晋阳起兵之后，裴寂就经常与李世民意见相左，双方的关系一直不太融洽；武德二年，李世民的心腹刘文静又遭裴寂排挤，并一举被诛；到了武德后期的夺嫡之争中，裴寂又一直站在李建成一边反对李世民……所有这一切，难道不值得李世民报复吗？
可是，难以理解的是，李世民在天下人面前一贯表现得宽容大度，为什么唯独会对裴寂存有报复心理呢？他即位之初，曾以既往不咎的和解姿态赦免了数以千计的前太子党和所有政敌，从而赢得了天下人心，可为何到了时过境迁的贞观三年，却仍然不放过裴寂呢？