集中在撒拉米斯的水师显然较阿尔特米西翁时更多，雅典人的战船达到180条，其他希腊城邦的接近200条，因此总共集中了约378条战船，而且是当时希腊最为先进的三列桨战船，此外还有一些比较老式的五十桨大船。舰队统帅由斯巴达国王欧吕比亚德斯担任。在随后召开的水师将领会议上，大部分将领的意见是希腊水师直接退到科林斯地峡去，因为那里水面相对宽阔，更重要的是，不少将领对即将来临的决战没有信心，他们担心一旦战败，就会被封锁在撒拉米斯海湾中无路可逃。
恰在此时，攻下温泉关的波斯陆军沿比奥提亚南下，攻占德尔斐、普拉提亚等地后进入雅典，并对少量驻守在卫城上的雅典人发起攻击，通过点火焚烧木栅的方式，成功攻下卫城，卫城上的神殿被放火烧毁，熊熊火光在撒拉米斯都清晰可见。那里的希腊人一看，觉得抵抗无望，一些人准备驾船离开。雅典将军地米斯托克利对此无可奈何，只好返回自己的船只。雅典人姆涅西披洛斯听说会议的结果后，当即向地米斯托克利指出，如果希腊水师真的撤退到科林斯地峡并且各自分散，就意味着希腊抵抗事业失败。他建议地米斯托克利立刻觐见统帅欧吕比亚德斯重新召开会议，确定水师的抵抗策略。地米斯托克利接受了此人的建议，并成功说服斯巴达国王重新召集会议。在会上，地米斯托克利详细分析了希腊人面临的形势，指出如果在科林斯地峡附近作战，则相当于在公海的广阔水面上作战，那样数量少而且行动相对迟缓的希腊船只肯定处于劣势，而如果留在撒拉米斯，狭窄的海面对希腊人比较有利，并且同样可以策应在科林斯地峡上的战事，还可以保卫撒拉米斯、埃吉那和麦加拉等国家。他的意见虽然没能说服科林斯将领阿德曼托斯那样的顽固派，但欧吕比亚德斯终于改变了意见，从而成功使希腊水师暂时留在了撒拉米斯。