第二时期的课程就是针对这一问题而展开的。
第二期：论理组织期(1926年春夏)。有鉴于第一期课程缺少组织、过于散漫的缺陷，陈鹤琴和幼稚园里的教师认识到加强课程组织性和计划性的重要。“以为课程非经教师组织，学生很难有所得的。同时又坚信我们的初志——以儿童为主，合于当地的、当时的环境。”①具体做法是：根据当时当地的节气、自然物和社会上的风俗习惯，提前拟定活动单元的课程大纲。然后依据计划好的大纲去讨论细目、安排活动、准备材料，最后要求教师严格按照计划一一去做就可以了。这样的课程使教师节省了时间，也不用随时随地猜测儿童的兴趣，教师确实轻松了许多。但是这种有组织的课程因过分强调了课程的计划性，忽视儿童的兴趣，忽视了儿童的个性；过多的团体活动实际上抑制了儿童的兴趣和需要，阻碍了儿童个性的健全发展，许多教师以为有趣的材料反而不合儿童的口味。特别是，预定的课程是死的，儿童的活动是活的。预定好的系统的课程，若中途加入一事会牵动全部，而社会上临时发生的一些“可贵可爱的事件”,放弃了又于心不忍。这些也正是陈鹤琴指出的中国幼稚教育的弊端之一。可见，这种“论理组织”的实施，“处处觉得勉强”,也失去了许多良好的机会。只是图教师的便利，只博得社会的欢心，不顾儿童本身，其实剥夺了儿童的许多自由，是对儿童兴趣爱好和活泼天性的简单否定。那也是一条教育上极危险的路，不能再走下去。于是转入了第三期的实验，以期有更好的效果。